Dificuldades de João Calvino na luta da igreja.

Entre 1553 e 1555, em Genebra, a relação tensa entre a igreja, particularmente o consistório, onde Calvino é uma figura de relevo, e as autoridades seculares da cidade, eleita entre os habitantes ricos da cidade, atinge o seu alvo. Discutia-se, então, a questão de saber se o consistório teria ou não o direito de excomungar pessoas, algo que se vinha a passar com relativa frequência.As amargas trocas  de palavras entre os dois pólos multiplicaram-se. Por um lado, o zelo religioso dos Calvinistas, do outro, a autoridade política da cidade. Em janeiro de 1555 há uma procissão noturna de pessoas em Genebra, caminhando de vela na mão, com a pretensão de ridicularizar Calvino.
Apesar disso, e em parte por causa do peso relativo da população protestante francesa que se tinha refugiado na cidade, as eleições dos 4 novos "Syndics" de Genebra em fevereiro de 1555 é favorável aos Calvinistas, que se impõem contra os "Enfants de Genève" sob a liderança de Perrin. Após as eleições, porém, há desacatos na rua entre as duas partes. Perrin e outros líderes da revolta são presos e serão decapitados e esquartejados. Os pedaços dos cadáveres foram, depois, exibidos nas ruas da cidade.
Também a doutrina da Predestinação, foi atacada nestes anos,principalmente por um monge carmelita chamado Hiérome Bolsec, nascido em Paris, que se tinha estabelecido em Genebra. Argumentava que se Deus fosse o responsável  por tudo que se passa, então, também seria responsável  pelos nossos pecados. Calvino responde que nunca disse isso e as autoridades apoiam-no. Em Berna, os críticos de Calvino, são expulso da cidade em 1555.
Em 1555, são erguidas as primeiras igrejas calvinistas em França, Calvino escreve a Antoine  de Bourbon, o Rei de Navarra e consorte de Jeanne d'Albret, exortando a seguir na sua vida privada os mesmos valores ascéticos que os seus súbditos.
Entre 26 e 29 de Maio de 1559, realiza-se em Paris, um sínodo nacional protestante. Cerca de 30 paróquias  aparecem aí representadas. O sínodo será responsável pela elaboração  deum texto delinhas orientadoras, com a participação de Calvino na sua criação, que se chamará  Confession de La Rochelle, texto confirmado  nesta cidade em 1571.
Em 1559 Calvino fundou uma escola e um hospital.
Em Abril de 1559, é assinado o pacto de paz entre a França e a Espanha, em Cateau-Cambrésis.