O Brasil não aceitava as pretenções da Argentina sobreuma grande parte do Grande Chaco, região paraguaia rica em quebracho (produto usado na industrialização de couro). A questão de limites entre o Paraguai e a Argentina, foi resolvida através de longa negociação entre as partes. A única região sobre a qual não se atingiu um consenso, a àrea entre o RioVerde e o braço principal do Rio Pilcomayo, foi arbistrada pelo presidente estado-unidense Rutherford Birchard Hayes, que a declarou paraguaia. O Brasil assinou um tratadode paz emseparado com o Paraguai,em 9 de janeiro de 1872,obtendo a liberdade de navegação do Rio Paraguai. Foram confirmadas as fronteiras, reinvindicadas pelo Brasil antes da guerra. Estipulou-se também uma dívida de guerra que foi internacionalmente subdimensionada por parte do governo imperial do Brasil, mas que foi efetivamente perdoada em 1943 por Getúlio Vargas, em resposta a uma iniciativa idêntica da Argentina.
O reconhecimento da independência do Paraguai pela Argentina, só foi feito na Conferência de Buenos Aires, em 1876, quando a paz foi estabelecida definitivamente.
Em Dezembro de 1975, quando os presidentes Ernesto Geisel e Alfredo Strossener, assinaram em Assunção, um tratado de amizade e cooperação, o governo brasileiro devolveu ao Paraguai troféus da guerra.
