Dois anos depois, Huss começou ensinar da universidade, e em 1401, veio a ser seu reitor. Em 1400, Huss foi separado como padre e foi-lhe entregue a responsabilidade da prestigiada capela de Belém.
Após o casamento do rei inglês, Ricardo II, da Inglaterra com Ana, filha do Imperador Carlos IV, da Boêmia em 1382, os ensinamentos de Wycliffe foram logos introduzidos no país. Estudando-os de perto, Huss começou não só a pregar, como também traduzir as obras de Wycliffe na língua Tcheca.
Pregador e precurssor da Reforma na Boêmia em 1403, Jihn Huss se propôs a reformar a Igreja Romana na Boêmia, ensinando que o papado não tinha nenhuma autoridade de oferecer remissão dos pecados através da venda de indulgências, como também questionou a legitimidde dos dois papas rivais GregórioXII e Alexandre V. Por esta razão, em 1408, os incontentos padres e colegas da Universidade de Praga condenaram a Huss, e como resultado, foi proibido de exercer suas funções eclesiáticas em Praga.
Um ano depois, ele recebe novas acusações de estar ensinando heresias, mas não para de pregar na Capela de Belém. Em 1411, Huss é excomungado de sua congregação e todos os cultos, cerimônias de batizados e funeral foram anulados. Tal ato trouxe grande revolta nos cidadãos de Praga, os quais defenderam a Huss.
O cúmilo da corrupção papal sucedeu em 1412, quando João XXIII, lançou uma cruzada contra o Rei Ladislau de Nápoles, e ofereceu remissão completa de pecados e todos os que participassem da guerra, ou a venda de indulgências para que os suportassem. Ao ouvir tal notícia contrária a todos os preceitos bíblicos, Huss se levanta e ataca o papado de usar sanções espirituais e indulgências para fins pessoais e políticos. Em contra-ataque, John Huss foi excomungado de Roma e obrigado a deixar Praga.
A intimidação se inicia durante o seu exílio, Huss teve oportunidade de concluir um de suas obras mais importantes, " De Ecclesia". No ano de 1414, os líderes da Igreja Romana, se reuniram no Concílio em Constança, atualmente na Alemanha, e Jihn Huss foi convocado a comparecer a fim de esclarecer seus ensinos controversais com o da Igreja. O imperador Boêmio, Sigismund, prometeu salvo-conduto, mas, após um mês em Constança, os seguidores do Papa João XXIII o prenderam, e ele foi impelido pelo Concílio de se retratar.Huss permaneceu preso durante sete meses de seu julgamento, e pouca oportunidade foi-lhe dada de se defender. Por não voltar atrás, John Huss foi condenado como hereje, despido e queimado na estaca fora da cidade no dia 06 de julho de 1415.
Huss morreu cantando o Hino em grego"Kyne eleeson" (Senhor, tem misericórdia). O local de sua morte é marcado até hoje com uma pedra memorial. Como Wycliffe, Huss lutou pela reforma da Igreja pagando o preço com sua vida. Os perseguidores destruíram o corpo, mas não os ensinos de Huss, que foi espalhado por toda Europa, por seus discipulos mais radicais, conhecidos como Taboritas. Estes rejeitaram tudo na fé e na prática da igreja Tomana que não se encontrasse na Bíblia.
Destes discípulos surgiu a Igreja Moraviana, a qual tornou-se mais tarde uma das igrejas de mais visão missionária da História da Igreja. O resultado do trabalho de Huss e de tantos outros foi vista um século depois, na pessoa de Lutero.
